O zdravstvenim prilikama u pirotskom kraju do oslobođenja od Turaka 1878. godine nalazi se malo podataka u literaturi.
Prvi pirotski apotekar bio je Mihajlo – Mina Anđelković. On, oko 1865. godine, po povratku iz Carigrada otvara prvu apoteku, jedinu prodavnicu lekova u kojoj su mogli da se dobiju lekovi po receptu lekara iz Pirota.
U apoteci Mine Anđelkovića mogli su da se pored trava dobiju i drugi lekovi – arčovi, spremljeni protivu naročitih bolesti u paketićima – fišecima.
– Lekovi su bili tako spremljeni da je bilo potrebno samo reći od čega bolesnik boluje, pa da odmah za tu bolest dobije fišek leka.
Oslobođenjem Pirota, Vlada Kneževine Srbije, preduzela je mere da zatečene apoteke osavremeni. Naređeno je da bude zatvorena početkom avgusta 1880. godine. U isto vreme u Pirotu je otpočela sa radom savremena apoaeka Franca Siručeka, u neposrednoj blizini apoteke Mine Anđelkovića. pored velikog mosta na Nišavi.
O apoteci Karla Skacela, čija je stambena kuća rekonstrukcijom sačuvana ostao je zapis savremenika:
– Skacelova apoteka nalazila se s leve strane Golemog mosta, sa drvenim i belim klupama na kojima bi ljudi za letnjih dana čekali da lekovi budu spravljeni. Pacijent je sa strahopoštovanjem ulazio u apoteku, uvek iznova zbunjen mermernim stubovima, visokim gipsanim šarama, ukrašenom tavanicom i velikom crnom mermernom pločom na koju bi posetilac stavljao recept, a vlasnik apoteke ili njegovi farmaceuti bi odlazili negde uz stepenice gde su verovatno spravljani lekovi, prethodno obaveštavajući posetioca da će lek biti „gotov za pola sata“.
Od 1930 – 1949. godine, rad u Skacelovoj apoteci organizuje apotekar Aleksandar Jovanović veliki Skacelov prijatelj. U to vreme rade još dve apoteke u Pirotu: Brankova apoteka „Higija“ kod Golemog mosta i „Narodna apoteka“, Živković Milana u glavnoj ulici koju kasnije preuzima Sreten Garotić.
Odlukom Gradskog veća 1949. godine sve apoteke bivaju nacionalizovane. Početkom šesdesetih godina prošlog veka dolazi do spajanja ove tri apoteke u apoteku „Karlo Skacel“. A 1963. godine apoteka se seli u Dragoševu ulicu. I danas ona radi pod tim imenom i najveća je apoteka u Apoteksrskoj ustanovi Pirot.
Formiranjem Medicinskog centra 1965. godine apoteka „Karlo Skacel“ posluje u okviru Centra, a 1978. godine apoteka postaje jedna od četiri OOUR-a i ima 35 radnika.
Aprila 1998. godine u skladu sa Uredbom o planu mreže zdravstvenih ustanova Vlada Republike Srbije donosi odluku o osnivanju Apotekarske ustanove Pirot.
Apotekarska ustanova Pirot obavlja zdravstvenu delatnost na području tri opštine: Pirot. Babušnica i Dimitrovgrad.
Danas radi pod imenom Apotekarska ustanova Pirot i trenutno je zaposleno 54 radnika.